Hola.
¿Tienes varias versiones de Java en tu sistema? Por ejemplo, java 8 update 140 y update 151, o Java 7. Es importante en esos casos desinstalar todo, empezar de 0 e instalar sólo los 2 entornos más recientes.
En cuanto a JDownloader, asegúrate de que el instalador que te descargas viene sin JRE para que use el del sistema. Cualquier entorno integrado en un software, aunque no debería ocurrir, puede dar problemas. Si puedes descargar un zip en vez del instalador, mejor. También puedes probar a bajar la versión para Linux. Java es multiplataforma, de tal forma que el archivo jDownloader.jar debería ejecutarse en todas partes.
Si vas a desinstalar Java, utiliza la consola Python para descargar la librería, igual que si fueras a actualizar.
Un saludo.